Рак легкого

Рак лёгкого является одной из наиболее часто встречаемых злокачественных опухолей, поэтому значительные усилия ученых, работающих в области молекулярной онкологии, направлены на поиски чувствительных и специфических биомаркеров для определения прогноза заболевания, мониторинга пациентов в процессе лечения, а в дальнейшем – для оптимизации тактики адъювантной терапии. Одним из таких маркёров является циркулирующая опухолевая ДНК (цоДНК), а точнее, изменение уровня её содержания в плазме крови после радикального хирургического лечения. На цоДНК приходится от 0,01% до 90% от всей циркулирующей внеклеточной ДНК, в зависимости от размера опухоли, её васкуляризации и биологических свойств. Опухолевая ДНК попадает в кровоток в результате апоптоза, некроза, фагоцитоза опухолевых клеток, а также в процессе целенаправленного выделения опухолевыми клетками. Время полураспада цоДНК в кровеносном русле составляет от 16 минут до 2,5 часов, что позволяет использовать её как биомаркёр, отражающий опухолевую нагрузку. Таким образом, присутствие цоДНК в плазме пациентов после проведённого радикального лечения (или отсутствие снижения уровня цоДНК по сравнению с её уровнем до операции) может отражать наличие такого феномена как минимальная остаточная болезнь (МОБ) – наличие изолированных или циркулирующих опухолевых клеток у пациента после радикального удаления опухоли, которые не могут быть обнаружены при помощи применяемых сегодня рутинных диагностических методов. Присутствие маркёров МОБ может говорить о высоком риске рецидивирования заболевания. Таким образом, определение уровня цоДНК в плазме крови до и после операции, а также мониторирование её уровня в течение определённого времени после операции позволит выделить группу пациентов с повышенным риском рецидивирования и оптимизировать тактику наблюдения и последующего лечения такой категории больных. Ещё одной причиной интереса к определению уровня цоДНК после радикального лечения являются результаты большого количества исследований, показавших, что повышение уровня цоДНК отражает рецидив заболевания намного раньше стандартных методов визуализации (КТ, МРТ). По мировым данным повышение уровня цоДНК в плазме крови больных, перенесших радикальное хирургическое лечение, может опередить обнаружение рецидива по данным КТ на срок от 30 до 180 дней.

Результаты данного исследования позволят доказать, что цоДНК может быть использована не только в качестве маркера для обнаружения рака, но также критерия, по которому можно судить об успешности терапии после хирургического вмешательства или химиотерапии. Внедрение практики определения цоДНК на 7-8 день после операции позволит врачу-онкологу выбирать наиболее рациональную тактику дальнейшего лечения, реализуя передовое направление персонализированный медицины для продления жизни конкретного человека и улучшения здоровья общества в целом.

Исследование предусматривает включение более 200 пациентов с операбельным НМРЛ для оценки корреляции изменения динамики цоДНК после операции и рецидива. С помощью NGS в опухолевой ткани пациентов анализируются мутации в панели из 374 генов. Для каждого пациента индивидуально выбирается не менее 15 индивидуальных соматических мутаций, которые детектируются методом NGS (секвенирование нового поколения) в до- и послеоперационной плазме, а также в ходе последующих четырех визитов. Для обогащения мишеней используется Nimblegen SeqCap EZ Choice kit (”Roche"). Общее покрытие = 3 Мб, среднее покрытие = 500x. При отсутствии сенсибилизирующих мутаций для анализа выбираются другие соматические мутации.

Панель генов

AKT1, BRAF, DDR2, EGFR, HER2, KRAS, MEK1, NRAS, PIK3, PTEN, NTRK1, NTRK2, NTRK3, TP53, CDKN2A, ALK( Rearrangement), MET (Amplification), RET (Rearrangement), ROS1 (Rearrangement), FGFR3 (Fusions), RICTOR (Amplification), SOX2 (Amplification), FGFR1-2 (+Amplification), XPC, WT1, NF1, KIT, TSC1, MSH2, GPC3, BRCA1, BRCA2 (+Amplification), ERBB2, MAP2K1, CD79A, EPHB1, EPHB4, GRM8, LIFR, LPHN3, LPP, MYH9, NCOA1, NCOA2, PMS1, POT1, POU5F1, SOX2, CD79B, SSX1, STK36, WAS, WHSC1, WRN, GNAS, HRAS, ATRX, EPHB6, HCAR1, HFN1A, BAP1, CDC73, CDK12, CDH1, ERCC1, HIF1A, ERCC3, HLF, LRP18, LTF, NCOA4, NFK81, PPARG, PPP2R1, ASUFU, CDH11, SYK, XPA, IDH1, CDKN, LTK, NFK82, PRDM1, SYNE1, XPC, XP01, IDH2, JAK2, CDKN2, BCDH2, ERCC4, HOOK3, ERCC5, HSP90AA1, PRKAR1A, TAF1, XRCC2, KOR, CEBPA, CDH20, CHEK1, CDH5, CDK8, ERGETS1, HSP90A81, ICK, MAF8, MAGEA1, NKX2-1, NLRP1, PRKDC, PSIP1, TAF1L, TAL1, ZNF384, ZNF521, KIT, KRAS, CHEK2, CREBBP, CDKN2C, ETV1, IGF1R, MAGl1, CRBNEXT1, FANCC, IGF2R, IKZF1, IL2, MAML2, MARK1, MARK4, M8D1, NOTCH4, NSD1, NUMA1, PAK3, PARP1, PAX3, PTGS2, PTPRD, RECQL4, REL, RHOH, T8X22, TCF12, TCL1A, TET1, TFE3, ABL1, AKT1, AR, AXL, BRAF, MAP2K1, MAP2K2, MET, MTOT, MTC, DNMT3A, CIC, ETV4, IGF2, MALT1, FANCA, CKS1B, MAP3K7, NUP214, PTPRT, RALGDS, TCF3, TCF7L1, AKT2, AKT3, MAP2K4, MAPK1, FANCD2, CMPK1, EXT2, IKBKB, FAM123B, IKBKE, MAPK8, NUP98, RARA, TCF7L2, ALK, FBXW7, COL1A1, MLH1, CREB1, FANCF, MPL, MSH2, MSH6, CRKL, FANCG, IL21R, FANCJ, IL6ST, MCL1, PAXS, NBN, CRTC1, FAS, IL7R, MDM2, PAX, RNASEL, RNF2, TGF8R2, TGM7, CBL, MYCNNF1, CSMD3, CYP2D6, DEK, DST, FLCN, FLT4, FOXP1, G6PD, ING4, IRF4, ITGA9, JUN, KAT6A, MDM4, MEN1, MLL2, MRE11, AMTR, MTRR, PAX8, P8RM1, PDGF8, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R2, RNF213, RPS6KA2, SAMD9, SOHO, SEPT9, SGK1, TH8S1, TIMP3, TNFAIP3, TRIM24, TRIM33, TRIP11, CCND1, CDK4, CDK6, EGFR, ESR1, EZH2, FGFR1, NFE2L2, NRAS, PDGFRB, RAF1, SF3B1, NF2, CTNNA1, FH, NOTCH1, CTNNB1, NOTCH2, CYLD, FLl1, FLT1, IRS2, ITGA10, MITF, MLL, P8X1, PDE4DIP, RRM1, RUNX1T1, TLR4, TLX1, CSF1R, DDR2, NTRK3, CYP2C19, PDGFRA, NPM1, PALB2, FN1, ITGB2, MLL3, PER1, PIK3R1, DAXX, FOXL2, ITGB3, MLLT10, PGAP3, SBDS, SDHA, TNFRSF14, TNK2, ERBB2, PIK3CA, PMS2, DCC, JAK1, MMP2, PHOX28, SDHB, TOP1, ERBB3, ERBB4, PIK3CB, PTCH1, FOX01, FOX03, JAK3, MN1, PIK3C28, SDHD, TPR, ERCC2, PTPN11, PTEN, DDIT3, RADSO, DICER1, FOXP4, RET, RB1, RUNX1, DPYD, FZR1, KAT6B, SETD2, GATA1, KDM5C, KDM6A, MUC1, MUTYH, PIM1, PKHD1, SH2D1A, SMAD2, TRRAP, TSHR, FGFR2, SMO, SMARCA4, EML4, KEAP1, MY8, PLAG1, SMAD4, UBR5, FGFR3, FGFR4, SRC, SMARCB1, EP300, GATA2, GATA3, KLF6, MYCL1, PLCG1, SMUG1, UGT1A1, FLT3, ARID1A, STK11, EP400, GPR124, LCK, MYD88, MYH11, PLEKHGS, PML, SOCS1, SOX11, USP9X, VHL, GNA11, GNAQ, ASXL1, ATM, ATR, TET2, EPHA3, GDNF, LAMP1, TP53, EPHA7, TSC1, A8L2, ACVR2A, ADAMTS2, AFF1, AFF3, AKAP9, APC, ARID2, ARNT, ATF1, AURKA, AURK8, AURKC, BAI3, BCL10, BCL11A, BCL118, BCL2, BCL2L1, BCL2L2, BCL3, BCL6, BCL9, BCR, B1RC2, B1RC3, B1RC5, BLM, BLNK, BMPR1A, BRD3, BTK, BUB1B, CARD11, CASCS, CCND2, CCNE1, TSC2, BAT26, BAT25, BAT34C4, BAT40, D10S196, D13S153, D13S175, D17S250, D17S588, D17S787, D18S55, D18S61, D18S64, D18S69, D20S100, D2S123, D3S1029, D5S107, D5S346, D7S519, D8S87, NR21, NR22, NR24, MONO-27.